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沙诸岛周边海域的巡防，下辖香山澳、白沙、钦州湾、安游港等四个镇守府和四个巡洋舰中队、三个巡航船中队、四个军输船中队以及三个信报船中队；
第七舰队负责安南、越南、金兰外海及暹罗湾周边至马来半岛北海岸的巡航震慑，下辖金兰、豆蔻（磅逊）港、富国岛、宋卡港等四个镇守府和六个巡航船中队、四个军输船中队以及三个信报船中队；
第八舰队负责中沙诸岛、南沙诸岛、婆罗洲北部海域、吕宋海域、苏禄海域的镇戍及东部太平洋群岛的探查，下辖新晋、纳闽、长岛港、山（打根）港、马（尼拉）港、桑（切斯将军）城等六个镇守府和九个巡航船中队、七个军输船中队、六个信报船中队；
第九舰队负责东印度群岛东部海域及方丈周边海域的巡防并探索衣洲以东岛域，下辖安汶、万鸦老、巴厘巴板、衣洲港、方丈南港、方丈东港、方丈西港等七个镇守府和十二个巡航船中队、十一个军输船中队以及七个信报船中队；
第十舰队负责东印度群岛东部海域、马六甲海峡、苏门答腊南部海域的镇戍和巡航，下辖凌牙门、普吉、槟城、椰城（巴达维亚）、泗水、马辰、坤甸等七个镇守府和六个巡洋舰中队、十一个巡航船中队、九个军输船中队以及六个信报船中队；
第十一舰队负责东天竺洋海域的巡防及对东非海岸并阿拉伯沿海地区的探索，下辖缅南、吉大港、东天竺、贾夫纳、马累等五个镇守府和四个巡洋舰中队、五个巡航船中队、五个军输船中队以及六个信报船中队。
这次水师改制中除了舰队的变化巨大之外，另外一个显著的变动就在于固化了中队的规模：一般而言，巡洋舰中队和巡航船中队都编有两艘主力军舰和一艘二等信报船；信报船中队则单独下辖两艘一等信报船；而军输船中队则根据所辖军用运输的载荷大小有独特的编制，通常每个中队或辖一艘三万料级巨型军输船和一艘二万料级大型军输船或辖两艘二万五千料重型军输船。
之所以将中队的编制固化，是为了方便舰队一级根据不同烈度的作战需要编组大小适宜的分舰队，因此从这一角度来看，分舰队便成了临时性的编制；至于各镇守府则可以视作常设的港口分舰队，而根据镇守府的规模大小，每个镇守府下辖若干巡航船、信报船、军输船中队，只不过原编列的杂式船只将被统一的三等巡航船、三等信报船、一万五千料中型军用运输船、一万料轻型军用运输船及五千料小型近海运输船所替代。
鉴于华夏水师编制的庞大，改编将是一个漫长的过程，等到整个整编计划完成后，华夏水师将拥有五十四门炮以上一至四等巡洋舰五十六艘，四十门炮以上一至二等巡航船一百四十艘，三等巡航船以下辅助船只超过四百艘，几乎相当于此时英法荷三国海军的总和。而且与陆师执行的移防改置政策一样，水师各中队之间也将每隔三年进行一次大规模的换防，只是由于各镇守府名下中队装备的船只船型较小的原因，因此换防只在镇守府与镇守府之间、外洋舰队与外洋舰队之间进行，至于人事交流则不限于三年的概念。
由于华夏水师不单包括外洋水师，因此内河水师一样进行了改编——长江内河水师被分拆成负责洞庭湖及武昌上游地区的荆江舰队、负责鄱阳湖及赣江流域的湖口舰队和负责长江中下游的两江舰队；黑龙江内河水师也拆分为乌苏里江舰队、松花江和牛满江舰队、黑龙江上游舰队——再加上原有的珠江内河舰队、湄公河舰队在内，内河水师也分成八个舰队。
内河外洋水师整编为舰队之后，配合作战的龙骧军也从原来的八个师一下子扩充到十九个师，然后在部队数目增加的同时，单个师的兵员却依照骑军、马步军的编制予以缩编为每师六千人，以适应更灵活的调度。
水师的整编动作很大，但却不是这次水师改制中最最重要的部分。为了更好执行华夏海路并进的国策并依照水陆两军不同的特点实施有效的指挥，郑克臧在单一兵部体制不做变动的情况下，将枢密院一分为二，分别组建负责指挥陆师的北枢密院以及负责指挥水师的南枢密院。麻英如愿以偿的成为首任南枢密院使，而原枢密副使金言智也取代尹民通成为首任北枢密院师。在南枢密院成立后，为了加强水师方面的话语权，郑克臧还改变了原定将蒙古义从军并入神策军的计划，规定神策军为专司在南方各都护府作战的部队，且与龙骧军、伏波军一样归由南枢密院统一调度，至于东北六都护府及北海、喀尔喀两大都护府继续以蒙古义从军的名义招募蒙古、巴尔虎、锡伯等族雇佣兵??????